微型原子钟广泛应用于各类卫星与自主导航系统，其作用包括但不限于：为卫星导航系统（特别是微纳导航卫星）提供星上时间基准，提高导航、授时与星间同步精度；为高机动平台提供卫星导航信号失锁期间的惯导辅助时间信号，维持短时间定位精度；在室内、地下、水下等无卫星导航信号场景下提供基于精密授时的定位与导航；为卫星导航接收机提供用于识别干扰与欺骗的本地时间信号，实现强干扰、欺骗环境下的高可信卫星导航。
